До основних завдань медико-санітарної частини відносяться такі напрямки:
- постійне вивчення умов навчальної підготовки, служби та побуту перемінного особового складу університету з метою виявлення факторів, що мають небажаний вплив на здоров’я курсантів/студентів/слухачів;
- розробка та проведення заходів щодо попередження захворювань;
- проведення медичного вивчення кандидатів на навчання та заключного медичного відбору у співпраці із штатними військово-лікарськими комісіями;
- організація та проведення профілактичних оглядів та диспансеризації перемінного особового складу;
- надання невідкладної медичної допомоги всім особам, які її потребують на будь-якій навчальній базі університету;
- проведення амбулаторного обстеження та лікування здобувачів вищої освіти;
- направлення хворих пацієнтів на лікування до спеціалізованих відділень та стаціонарів;
- проведення комплексу санітарно-гігієнічних та протиепідемічних заходів, як самостійно, так і у співпраці з фахівцями Центрів превентивної медицини;
- медичне забезпечення навчального процесу та служби курсантів/слухачів;
- забезпечення попереднього та поточного санітарного контролю за об’єктами університету;
- пропаганда гігієнічних знань і здорового способу життя;
- постійне вдосконалення рівня фахової підготовки медичних працівників.
Основними принципами організації роботи медико-санітарної частини університету є профілактичне направлення та максимальне наближення медичної допомоги до кожного учасника освітнього процесу.
